Trải qua nhiều vị trí quản lý trong suốt quá trình 30 năm công tác, PGS.TS. Nguyễn Kim Sơn đã có nhiều đóng góp trong sự phát triển của Đại học Quốc gia Hà Nội (VNU). Chỉ số đổi mới sáng tạo và tác động xã hội của VNU nhiều năm liền đứng trong nhóm đầu 500 trường Đại học trên thế giới.
Trong giai đoạn 2015 - 2020, các nhà khoa học của ĐHQGHN đã công bố 3.602 bài báo khoa học trong hệ thống ISI/SCOPUS, chiếm 10% tổng số bài báo ISI/SCOPUS của cả nước. Đồng thời, ĐHQGHN liên tục khẳng định vị trí số 1 Việt Nam và nằm trong nhóm 801 - 1.000 thế giới theo các bảng xếp hạng Times Higher Education (THE), QS World University Rankings (QS). Đặc biệt, năm 2021, VNU lần đầu tiên và là cơ sở giáo dục duy nhất của Việt Nam có lĩnh vực Kinh doanh và Nghiên cứu quản lý (Business and Management Studies) được QS đánh giá xếp hạng 501 – 550 thế giới.
Tóm tắt quá trình công tác PGS.TS Nguyễn Kim Sơn:
1990: Tốt nghiệp Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội (nay là Đại học Quốc gia Hà Nội), Khoa Ngữ văn, ngành Văn học, chuyên ngành Hán Nôm.
4/1991 - 2/1999: Giảng viên Khoa Văn học, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội (ĐHQGHN).
3/1999 - 3/2002: Cán bộ giảng dạy Khoa Văn học, Bí thư Đoàn trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN; Phó Bí thư Đoàn TNCS HCM ĐHQGHN.
04/2002 - 03/2003: Phó Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Trung Quốc, Giảng viên Khoa Văn học, Bí thư Đoàn TNCS HCM Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN; Phó Bí thư Đoàn TNCS HCM ĐHQGHN.
04/2003 - 04/2006: Trưởng Phòng Đào tạo, Phó Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Trung Quốc, Giảng viên Khoa Văn học, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN; Bí thư Đoàn TNCS HCM Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, Phó Bí thư Đoàn TNCS HCM - ĐHQGHN (đến 12/2003).
05/2006 - 05/2007: Trưởng Phòng Đào tạo, Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Trung Quốc, Giảng viên Khoa Văn học, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN.
06/2007 - 05/2008: Học giả nghiên cứu tại Học viện Harvard Yenching, Hoa Kỳ.
06/2008 - 10/2009: Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Trung Quốc, Giảng viên Khoa Văn học, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN.
11/2009 - 07/2010: Phó Hiệu trưởng, kiêm Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Trung Quốc; Phó Bí thư Đảng ủy Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN (từ 06/2010).
08/2010 - 12/2011: Đảng ủy viên Đảng ủy ĐHQGHN; Phó Bí thư Đảng ủy, Phó Hiệu trưởng, kiêm Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu Trung Quốc, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐHQGHN.
01/2012 - 02/2016: Phó Bí thư Đảng ủy, Phó Giám đốc ĐHQGHN.
02/2016 - 06/2016: Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy, Phó Giám đốc Thường trực ĐHQGHN.
06/2016 - 09/2016: Phó Bí thư Thường trực Đảng ủy, Giám đốc ĐHQGHN.
09/2016 - 01/2019: Bí thư Đảng ủy, Giám đốc ĐHQGHN; Viện trưởng Viện Trần Nhân Tông (từ 02/2017), ĐHQGHN.
01/2019 - 01/2021: Bí thư Đảng ủy, Chủ tịch Hội đồng, Giám đốc ĐHQGHN; Viện trưởng Viện Trần Nhân Tông, ĐHQGHN.
01/2021: Ủy viên BCH Trung ương Đảng khóa XIII, nhiệm kỳ 2021 - 2026; Bí thư Đảng ủy, Chủ tịch Hội đồng, Giám đốc ĐHQGHN; Viện trưởng Viện Trần Nhân Tông, ĐHQGHN.
Ngày 8/4/2021: Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo nhiệm kỳ 2021-2026